瓜迪奥拉在08-09赛季，带领巴萨夺得6冠王的伟业（西班牙国王杯、西甲联赛、欧冠、西班牙超级杯、欧洲超级杯以及世俱杯6座冠军）。让瓜迪奥拉一跃成为世界顶级名帅。当然也有人质疑瓜迪奥拉，认为是当时巴萨的豪华阵容成就了瓜帅。

当时巴萨6冠王的首发阵容是：门将（巴尔德斯），后卫（阿比达尔、皮克、普约尔、阿尔维斯），中场（伊涅斯塔、亚亚图雷、哈维），前锋（亨利、梅西、埃托奥）。这样的阵容换做任何一位教练都能带出好成绩，于是瓜迪奥拉选择了离开巴萨，证明自己的执教能力。

13年瓜迪奥拉接受了德甲巨人拜仁慕尼黑的邀请，出任拜仁主帅，合同期为3年。拜仁看中的正是瓜迪奥拉在欧冠中的经验，希望瓜帅能带领拜仁登顶欧洲之巅。

拜仁是瓜迪奥拉执教的第二支球队，虽然瓜迪奥拉带领拜仁夺得德甲3连冠，但是在欧冠中连续3年止步4强。而且瓜迪奥拉与球队高层的分歧也越来越严重，瓜迪奥拉想引进内马尔、苏亚雷斯和德布劳内等球员都被拜仁高层给拒绝了，最终瓜迪奥拉离开了执教3年的拜仁。